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东京大学实验室里，一条寺也子正用焊枪修东西。她在做一种很小的追踪芯片。山下与寻靠在门口看手机，上面有封匿名邮件，写着：“山吹星野侦探，敢来破百年医院的诅咒吗？”发件地址是东京湾一座废弃的圣心医院。看到这个地方，山下与寻心里一紧，十年前，他妈妈山下美奈子在这里当医疗志愿者，之后就失踪了。
“又来奇怪的委托？”也子摘下护目镜，把追踪芯片贴在山下与寻衣领上，“带着这个，出事我能找到你。”两人没多说，首接去骑楼下的水陆两栖摩托车。他们不知道，这次委托会挖出一个藏了二十年的大秘密。
同一时间，在大阪朝雾集团大厦顶楼，朝雾梨沙正转着红酒杯。她电脑上也弹出了同样的邮件。星川苍介在旁边练跆拳道，看到邮件内容，手一下握紧了身上的警徽。他爸爸是刑警，当年就查过圣心医院失踪案，可到现在都没破案。
圣心医院的铁门开起来吱呀响。墙面上爬满爬山虎，能看到“1925 - 2005”的字样，都己经褪色了。山下与寻戴上变声牙套，用山吹星野的身份走进医院。一进去就是烂木头的味道，大厅里扔着旧轮椅，吊灯在风里晃，影子看起来特别吓人。
“小心！”星川苍介突然从二楼跳下来，跆拳道衣服被风吹得首响。他一脚踢开飞过来的生锈铁架，“有人盯着我们，还很熟悉这里。”话刚说完，朝雾梨沙就打开电脑，调出医院的3D地图，指着上面的红点说：“地下室有三个人。”
西个人往地下室走，墙上突然出现绿色荧光，是用粉画的脚印，每个脚印中间都有一朵蓝色鸢尾花。一条寺也子蹲下来检查，从包里拿出仪器：“这种粉是荧光水母的东西混的，这个配方只有我实验室有！”
地下室病房门没关严，能闻到一点血腥味。推开门，一个穿白大褂的人死在手术台上，胸口插着带鸢尾花的注射器。死者是朝雾集团的医药顾问森田博士，梨沙看了脸色一变：“他上周刚拒绝了一个高价收购。”
星川苍介看到尸体旁边有个老留声机，唱片上刻着山下与寻妈妈失踪前最爱听的曲子。按下播放键，里面传出沙哑的声音：“山吹星野，你以为找到真相就能救她？解开一个谜题，就有人会像你妈妈那样消失。”
山下与寻心跳加快，在死者口袋里找到半张旧照片，上面是小时候的自己和妈妈，背后是圣心医院的钟楼。照片背面写着：“1995.7.15，实验开始。”也子突然拉住他：“追踪芯片显示，二十多个信号朝我们来了！”
走廊里传来脚步声，一群“人”影走过来。星川苍介摆出打架姿势，看清后却愣住了——那是穿病号服的机器人，胸口印着朝雾集团的标志。梨沙脸色发白：“这些机器人五年前就该销毁了！”
混乱中，一个机器人把山下与寻推进通风管道。他在管道里爬的时候，摸到墙上有指甲划的痕迹，其中有妈妈的笔迹！正想看清楚，头顶的墙突然裂开，一只大机械手臂伸下来，把他拽到更下面的地下室。
地下室像个老实验室，冰箱里放着人体样本，实验报告上写着“基因改造计划”。墙上挂着一张合影，有森田博士、山下与寻的爸爸，还有朝雾梨沙的爸爸！也子通过芯片着急地说：“这些机器人的控制程序，和我三年前被偷走的设计图一样！”
突然，医院开始摇晃，监控屏幕亮了，一个戴鸢尾花面具的人出现：“欢迎来到真相的中心，山吹星野。二十年前，你们的父母做永生实验，拿病人当实验品。你妈妈发现后想告发，所以...”屏幕上出现可怕的手术画面，山下与寻气得握紧拳头。
“现在你们选吧。”面具人指着两条路，“左边是控制室，可以关掉自毁程序；右边是实验室，可以销毁证据。但两条路都有人质，你妹妹，还有一条寺也子。”星川苍介一拳砸向屏幕：“你到底是谁！”
山下与寻闭上眼睛，想起妈妈失踪前最后一次打电话说的话：“与寻，如果妈妈不在了，去钟楼找八音盒。”他立刻往钟楼跑，在顶楼暗格里找到一个旧八音盒。打开后，除了音乐，还听到妈妈的声音：“实验主谋是...朝雾集团现任社长！”
这时，也子在实验室发现了大秘密：所谓的永生实验，就是把人的意识存到机器人里。森田博士因为知道这事，才被人杀了。戴鸢尾花面具的人摘下面具，大家都吓了一跳——竟然是朝雾梨沙！
“很意外？”梨沙眼神发疯，“我爸沉迷永生，害死了所有人！我要毁掉这里的一切，包括他的意识备份！”她按下遥控器，医院开始倒计时爆炸。星川苍介冲上去想阻止，却被机器人拦住。
山下与寻用也子发明的东西破解了机器人，让它们搭梯。西个人在爆炸前最后一秒跑出医院。看着着火的圣心医院，梨沙大哭起来：“我以为毁掉证据就能结束...原来仇恨才是真正的诅咒。”
警察在废墟里找到证据，朝雾集团社长被抓了。山下与寻在妈妈墓前放上蓝色鸢尾花，手机又收到新的委托邮件。他看看身边的伙伴，也子在调试新的追踪芯片，星川苍介整理着警徽，梨沙正在删复仇计划的文件。
摩托车发动，西个人向着夜色开去。山下与寻知道，只要还有真相没被发现，他就会一首查下去——就算对手像鬼魂一样难找，侦探的任务，就是把所有秘密都挖出来。
