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舒克和贝塔解决了资源星球的危机后，在宇宙联邦的盛情邀请下，短暂停留参加了表彰仪式。仪式结束后，他们谢绝了联邦给予的丰厚奖励，再次驾驶飞行器踏上宇宙征途。
这一次，他们决定探索宇宙边缘那些未被开发的区域。在漫长的飞行途中，飞行器的警报系统突然响起，原来是检测到前方有异常的时空波动。舒克和贝塔立刻提高警惕，小心翼翼地靠近波动区域。
当他们接近时，发现这是一个巨大的时空漩涡，周围的光线都被扭曲，呈现出诡异的色彩。就在他们犹豫是否要继续前进时，一个模糊的身影从漩涡中飘了出来。舒克连忙操控飞行器靠近查看，发现是一个身着奇异服饰的外星生物，他己经陷入了昏迷状态。
舒克和贝塔将这个外星生物救上飞行器，利用先进的医疗设备对他进行救治。经过一番努力，外星生物终于苏醒过来。通过翻译器，他们得知这个外星生物名叫艾克斯，来自一个遥远的平行宇宙。他的宇宙正遭受着一场前所未有的灾难，一种名为“暗能侵蚀者”的邪恶力量正在吞噬一切，他是为了寻找拯救宇宙的方法才冒险穿越时空漩涡，却在途中失去了意识。
艾克斯恳请舒克和贝塔帮助他拯救自己的宇宙。舒克和贝塔被他的故事所打动，决定伸出援手。他们跟随艾克斯再次穿越时空漩涡，来到了他所在的平行宇宙。
这个宇宙的景象让他们震惊不己，许多星球己经被“暗能侵蚀者”腐蚀得面目全非，生命绝迹。舒克和贝塔与艾克斯一起，开始在这个宇宙中寻找对抗“暗能侵蚀者”的方法。他们在一些残留的文明遗迹中寻找线索，发现了一种古老的传说，据说在宇宙的中心，存在着一颗“光明之源”，它拥有着驱散一切黑暗的力量，是唯一能对抗“暗能侵蚀者”的希望。
然而，前往宇宙中心的路途充满了艰难险阻。他们不仅要面对“暗能侵蚀者”的攻击，还要穿越危险的宇宙风暴和神秘的能量区域。在一次与“暗能侵蚀者”的激烈战斗中，飞行器受到了严重损坏，舒克和贝塔不得不迫降在一颗荒芜的星球上进行维修。
就在他们维修飞行器时，一群被“暗能侵蚀者”控制的生物对他们发起了攻击。舒克和贝塔与艾克斯并肩作战，利用各自的技能和武器奋力抵抗。在战斗中，他们逐渐找到了这些被控制生物的弱点，成功击退了敌人。
经过漫长的旅程，他们终于来到了宇宙中心，找到了“光明之源”。但此时，“暗能侵蚀者”的首领也察觉到了他们的行动，亲自带领着强大的部队前来阻止他们。
一场终极对决在宇宙中心展开，舒克驾驶飞行器在空中与敌人周旋，贝塔操作武器系统进行攻击，艾克斯则利用他独特的能力辅助他们。在激烈的战斗中，舒克发现“暗能侵蚀者”首领的能量核心暴露在外，他抓住机会，发射了一枚强力光束，击中了能量核心。
“暗能侵蚀者”首领受到重创，“暗能侵蚀者”的力量也随之减弱。舒克和贝塔趁机将“光明之源”释放出来，光明的力量迅速蔓延，驱散了“暗能侵蚀者”的黑暗能量。
这个平行宇宙终于恢复了和平，艾克斯和宇宙中的生物们对舒克和贝塔感恩戴德。舒克和贝塔在这个宇宙稍作停留，帮助他们重建家园后，便与艾克斯告别，再次穿越时空漩涡，回到了自己的宇宙，继续他们守护宇宙和平的使命。
