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舒克和贝塔离开那颗刚刚拯救的星球后，继续在宇宙中航行。他们的飞行器在经过一片神秘的星云时，导航系统突然失灵，飞行器不受控制地急速下降，朝着星云深处坠去。
当他们好不容易稳住飞行器，才发现自己来到了一个奇异的空间。这里漂浮着许多巨大的透明生物，它们身体发出柔和的光芒，仿佛是宇宙中的幽灵。更让舒克和贝塔惊讶的是，这些生物似乎拥有意识，并且能够通过某种方式与他们交流。
一只较大的透明生物靠近他们，传递出一种友好的情绪，同时在他们脑海中展现出一幅画面：原来，这片星云是这些透明生物的家园，但是最近出现了一群邪恶的机械生物，它们大肆破坏星云的生态环境，还捕捉透明生物进行研究。
舒克和贝塔决定帮助这些透明生物。他们跟着透明生物来到了机械生物的基地。这个基地建立在一颗巨大的暗物质星球上，周围布满了各种防御设施。
舒克和贝塔小心翼翼地靠近基地，试图寻找弱点。就在这时，一群机械生物发现了他们，立刻发射激光攻击。舒克灵活地驾驶飞行器躲避攻击，同时发射干扰弹，打乱机械生物的攻击节奏。贝塔则利用飞行器上的探测设备，终于发现了基地的能源中枢。
他们制定了一个计划，舒克吸引机械生物的注意力，将它们引开，贝塔则趁机潜入基地内部，破坏能源中枢。计划进行得很顺利，贝塔成功地进入了基地内部，然而，在他即将破坏能源中枢时，机械生物的首领出现了。
这个机械生物首领体型巨大，全身闪烁着冰冷的金属光泽，它挥舞着巨大的机械手臂，向贝塔发起攻击。贝塔操控着携带的小型战斗机器人与它展开殊死搏斗。
与此同时，舒克在外面也陷入了苦战，越来越多的机械生物围了上来，他的飞行器能量即将耗尽。但他没有放弃，依然顽强地抵抗着。
就在贝塔快要支撑不住的时候，那些透明生物赶来支援。它们用自己的精神力量干扰机械生物首领，贝塔趁机抓住机会，将能量炸弹植入了能源中枢。随着一声巨响，基地的能源中枢被破坏，所有的机械生物都停止了活动。
星云恢复了往日的平静，透明生物们为了感谢舒克和贝塔，送给他们一件神秘的礼物——一颗能够赋予飞行器特殊能力的能量核心。
舒克和贝塔带着这份礼物，再次踏上了宇宙之旅。他们知道，在这广袤的宇宙中，还有无数的未知和危险等待着他们，但他们毫不畏惧，因为守护宇宙的和平，是他们永远不变的信念。而每一次新的冒险，都让他们变得更加强大，
舒克和贝塔装上透明生物赠送的能量核心后，飞行器的性能得到了极大提升，他们继续在宇宙中巡航。这一次，他们接收到了一个来自古老星系的求救信号，信号十分微弱，似乎己经发送了很长时间。
他们循着信号的方向飞去，经过漫长的飞行，终于抵达了那个古老星系。这里的恒星黯淡无光，许多行星都呈现出衰败的景象。他们降落在一颗看起来相对完好的行星上，发现这里的生物都面黄肌瘦，充满了恐惧。
经过询问，他们得知这个星系曾经是一个繁荣的地方，但是突然出现了一种神秘的黑暗力量，它侵蚀着星球的资源，让生物们无法生存。更可怕的是，这种黑暗力量还能控制生物的心智，让他们互相残杀。
舒克和贝塔决定深入探寻这股黑暗力量的源头。他们在行星的废墟中找到了一座古老的神庙，据说这里隐藏着对抗黑暗力量的秘密。进入神庙后，里面阴森恐怖，布满了各种机关和陷阱。
在探索过程中，他们遇到了一些被黑暗力量控制的生物，这些生物失去了理智，疯狂地向他们发起攻击。舒克和贝塔一边躲避攻击，一边寻找破解控制的方法。经过一番努力，他们发现一种特殊的光芒可以驱散黑暗力量对生物的控制。
他们继续深入神庙，终于在最深处发现了一个巨大的黑色水晶，它散发出令人毛骨悚然的气息，正是黑暗力量的源头。就在他们准备摧毁水晶时，一个神秘的身影出现在他们面前。
这个身影是一个穿着黑袍的神秘人，他声称自己是这个星系曾经的守护者，但因为力量不足，无法阻止黑暗力量的侵蚀，现在他希望舒克和贝塔能帮助他。神秘人告诉他们，要摧毁黑色水晶，必须同时激活神庙中的西个能量源，才能打破水晶的防御。
舒克和贝塔与神秘人分工合作，分别去寻找并激活西个能量源。在这个过程中，他们遭遇了各种危险，有隐藏在黑暗中的怪物，还有突然出现的能量风暴。但他们凭借着顽强的意志和过人的智慧，成功激活了西个能量源。
当西个能量源的光芒汇聚在一起时，黑色水晶的防御被打破。舒克和贝塔抓住机会，发射强力光束，摧毁了黑色水晶。随着水晶的破碎，黑暗力量迅速消散，星系中的生物们也逐渐恢复了正常。
这个古老星系的生物们为舒克、贝塔和神秘人举行了盛大的庆祝仪式，感谢他们拯救了整个星系。舒克和贝塔告别了这里的生物，又驾驶着飞行器，向着宇宙的下一个未知区域前进，准备迎接新的挑战，续写他们的传奇。
